Nationalparken domineras av naturtyper som utvecklas bäst på egen hand, och lämnas till så kallad "fri utveckling". Detta innebär att aktiv biologisk skötsel förekommer endast i mycket begränsad utsträckning. Målsättningen för de flesta av nationalparkens naturtyper är att naturliga processer som brand, stormfällning, vittring och översvämningar får verka fritt. Läs mer nedan under sammanfattning av skötselplanen.
Största delen av nationalparken är även ett så kallat natura 2000- område. I Skuleskogen finns även ett par hotade arter med egna åtgärdsprogram (ÅGP). Läs mer om ÅGP under länken här intill.